En 2002, El Gran Combo celebró su aniversario número 40 con dos conciertos vendidos a capacidad en el Coliseo Rubén Rodríguez en Bayamón, Puerto Rico. Esta celebración generó un álbum renombrado que fue reconocido como uno de los mejores de ese año. Un año después recibieron una nominación al Grammy por Mejor Álbum Tropical.

Desde el 2006 la orquesta ha lanzado sobre 40 álbumes o CD y ha recibido numerosos premios, incluyendo discos de oro, un "Calendario de Plata" en México, un "Combo Dorado" en Colombia, un "Premio Paoli" en su patria, Puerto Rico y una distinción honorable en España y muchos otros. En ese año lanzaron la producción discográfica titulada Arroz con Habichuela, del cual salieron varios éxitos como "No Hay Manera", "Como Tiembla El Alma", "Piénsalo" y "Arroz Con Habichuela".

En el 2010 lanzaron su más reciente producción discográfica titulada Si No Hay Salsa No Hay Paraíso, del cual salió el éxito "Sin Salsa No Hay Paraíso", entre otros.

En agosto del 2011 El Gran Combo re-escribió la letra de su propio éxito "No Hago Más Ná" que cantaba en sátira acerca de un día en la vida de un vago. La versión nueva la llamaron "Echar Pa'lante" y cantaba sobre un día en la vida de un trabajador y las virtudes del trabajo. Además lanzaron un video con un mensaje positivo antes de comenzar la canción y enseñaron tomas de gente trabajando en comparación con miembros del Gran Combo tocando diferentes instrumentos.

El Gran Combo celebró sus 50 años el 11 de noviembre de 2012.

El 9 de agosto de 2013 el saxofonista y miembro fundador del grupo Eddie "La Bala" Perez fallece luego de sufrir amputacion de sus piernas y serias complicaciones de salud. Es sustituido por Virgil Rivera.

El 12 de diciembre de 2014 su cantante principal Charlie Aponte anuncia su retiro por razones personales después de cantar con la Orquesta desde 1973. Su ultima presentación fue el 30 de diciembre de 2014 en Cali Colombia.

El 24 de enero de 2015 Anthony Garcia es seleccionado para sustituir a Charlie Aponte.